日本国内的大学排名以赋予学生附加价值的“教育实力”、体现其教育成果的“就业情况”，以及作为大学研究基础的“科研经费”为主要衡量标准。
获得第一位的仍然是日本当之无愧的“最高学府”东京大学，东大拥有超过200亿日元的科研补助经费，另外其在上市企业工作的毕业生数以及收入状况都是高等院校中的佼佼者。斩获第二位的京都大学近些年来在研究领域不断注入力量，在科研经费上仅次于东大，诺贝尔奖得主辈出的同时，申请难度也是相对较高的。而位列第三的一桥大学虽然是一所文科大学，却成就了日本众多的财界精英。另外值得一提的是近些年来一度成为话题的国际教养大学，其独特的国际化教育方式，采用全英文教学，学生全员拥有一年的海外留学经历，甚至超过东大一跃成为日本企业最关注的大学排行榜榜首！
在理工科方面，作为单科大学的东京工业大近些年来研究实力不断增强，在工程技术和自然科学领域独树一帜，跻身世界一流大学，其在海外也拥有良好的口碑，是包括中国在内的世界各国留学生所向往的最高学府之一。而筑波大学作为一个以高科技研究而闻名的院校，在体育科技方面也有着很深的造诣，其技术应用于体育训练及赛事中，将每位运动员的身体特点量化，经过现代手段的数据分析，制定出最有利于运动员的训练和比赛方案。总体来说，日本国公立大学的综合实力较强，无论在文科还是理科方面的实力都比较平均，减少了学生对于“选专业还是选学校”的烦恼！