大专院校社区学院及自负盈亏教育部门的收支状况备受关注。立法会文件显示，2013/14学年教资会资助院校本部开办自资课程的学费收入合共近40亿元，其中近30亿元学费收入来自研究院修课课程。各院校合共录得8.3亿盈余，仅香港中文大学本部开办的自资课程的学费收入就达8.25亿元，盈馀2.01亿元，为各院校之冠。教育局局长吴克俭表示，非教资会资助活动的盈馀主要用于院校自资项目，教育局将继续要求各院校尽量将盈馀以不同方式回馈学生，现港中大尚未公布资金会用于哪些方面。
教育界立法会议员叶建源昨日提出书面质询，关注今年《施政报告》指某些获教资会资助的专上院校透过辖下社区学院开办自资课程累积大量财政盈馀。根据教育局回覆立法会的文件，显示2013/14学年中大本部开办的自资课程的学费收入达8.25亿元，盈馀2.01亿元，两项数据均为各院校之冠。中大研究院修课式课程的学费收入高达8.13亿元，远多于合共录得1200万元学费收入的学位及副学位课程。
自资课程学费收入仅次于中大的是香港理工大学，达7.41亿，其研究院修课课程及学士学位收入分别佔4.71亿元及2.65亿元，另有500万元来自研究院研究课程。香港大学本部开办的自资课程学费收入则达5.94亿元，其中5.53亿元来自研究院修课式课程，盈馀则有1.92亿。香港城市大学研究院修课式课程学费收入达4.31亿元，连同学士学位课程则高达5.41亿元。