日本深受黑潮、亲潮等洋流影响，海洋性气候明显，一年四季温差很大。日本大部分国土属温带气候，但由於日本的岛屿自西南向东北延伸得很长，南北跨越纬度约20度，因此全国各地的气候仍然有很大的不同，可分为六个气候区，分别是：
北海道气候：北海道不受梅雨的影响，降雨量较日本其他地方为少。夏季短暂且凉爽；冬季漫长而寒冷。
日本海侧气候：范围为本州岛西部海岸地区。冬季受西伯利亚高气压所控制，吹西北风。同时由於暖流对马海流在冬季通过日本海而带来大量水气，因而常有豪雪。夏季降水较少，有时因焚风而会出现异常高温。
中央高地气候：典型的内陆性气候。冬寒夏凉。冬季与夏季及昼夜之间温差很大。降雨量少
太平洋侧气候：包括了本州东海岸、南四国和九州大部分地区。夏季受东南季风影响，梅雨强台风多。冬季则降雪较少。
濑户内海式气候：包括了山阳地方、北四国、近畿与九州局部地区。这里天气常是晴天，降雨量少，不时遭受旱灾之苦。
南西诸岛气候：范围为琉球群岛。这里属亚热带气候，夏季炎热冬季温暖。降雨量大。夏季常受台风吹袭。
日本是世界上降水量较多的地区。主要原因包括了日本海侧地区冬季的降雪；6、7月（冲绳、奄美为5、6月）间连绵不断的梅雨；以及夏季到秋季登陆或接近日本的台风。日本有记载的最高温度纪录是40.9度，於2007年8月16日在崎玉县熊谷市和岐阜县多治见市测得；有记载的最低温度纪录是-41度，於1902年1月25日在北海道旭川市测得。