日本是个岛屿国家，交通很发达，在城市之间有高速公路和新干线相连，在市内，自行车、摩托车、汽车等各种交通工具均被大规模应用。到日本留学之前，首先来了解一下日本国内常用的交通工具吧。
1、铁路、电车
日本国内JR铁路网四通八达，特别是大都市近郊。除了JR的路线，私人铁路(民营公司的电车、铁路)的铁路、电车网也非常发达，行驶时刻也十分准确，铁路、电车可以说是非常便捷的交通手段。私人铁路在总站与JR 相接，成为多数市民上班、上学的代步工具。例如，东京周边(首都圈)就延伸出西武铁路、京王帝都电铁、东武电铁、小田急电铁、东京急行电铁、京滨急行电铁等私人铁路，形成私铁网。
高峰时段为工作日的早上7点～9点、下午5点～7点。
电车依照其行驶速度与停靠的站数，分为每站停车、准急、急行、通勤快速、特急等。乘车时，除了乘车券之外，有的还需要另外购买特急券、座位指定券、首席券(头等车厢)等车票。一般学生可以使用学割(学生优待票的简称)，以廉价乘坐电车、铁路。另有其他多种折扣服务票价。
2、新干线
新干线为联结主要城市的高速干道铁路。目前，已通行的有东海道新干线(东京新大阪)、山阳新干线(新大阪博多)、东北新干线(东京新青森之间)、秋田新干线(盛冈秋田)、山形新干线(福岛新庄)、上越新干线(大宫新泻)、北陆新干线(高崎长野)、九州新干线(博多鹿儿岛)。是许多人洽商、旅游的移动手段。新干线也有学割等折扣优惠和服务。
3、地下铁
大都会区的重要交通手段绝对少不了地下铁。在东京里面，就有TOKYO METRO(东京地铁公司)运营的9条路线(丸之内线、东西线、南北线、有乐町线、千代田线、半藏门线、日比谷线、银座线、副都心线)、以及都营线(东京都运行的路线)的4条路线(三田线、新宿线、浅草线、大江户线)，与私铁交错行驶。此外，大阪、神户、名古屋、横滨、京都、札幌、仙台、福冈也都有地下铁。
4、公车
公车路线涵盖铁路未能到达区域。票价有的是路线内同一票价(市区内约为250日元)，有的是依行驶距离逐一递增，各不相同。其基本票价比铁路票价高，末班车也比铁路早，通常为晚间9～10点。此外，行驶在高速公路上的公车，如联结都市的高速公车与深夜公车也相当普及。
5、计程车
依照车辆的大小，分为大型、中型、小型，乘载人数各不相同。起跳价格(两公里以内的基本费)各地不同，例如，东京都要730日元(人民币约44元)，大阪起步价为680日元(人民币约41元)，福冈市起步价为570日元(人民币约34元)，名古屋起步价为510日元(人民币约30.5元)，两公里后每 274米增加80日元(人民币约5元)。晚间11点至次日凌晨5点采用夜间加成制，车费增收30%。在行驶高速公路时，也会加收费用。
日本的计程车费用，通常比外国贵，并不是留学生可以轻松利用的交通工具。就曾经有过一位刚到日本留学的南韩留学生，以在韩国搭乘计程车的感觉乘坐日本的计程车，结果对惊人的车资错愕不已。
6、自用车
如果要在日本开车，请在来日本之前就先在自己的国家取得国际驾照，或是将自己国家的驾照更换为日本的驾照。驾照的更换可在离个人所在地最近的监理处办理。而大都市常中有塞车和停车位确保等问题，开车移动有时反而不便。此外，日本的汽油费又贵，保养维修费、税金等也所费不赀，所以不鼓励留学生将自用车当作交通工具。
7、航空
飞机频繁往来于各主要城市间，在短时间内连接铁路耗时费日才能到达的距离，东京周边(首都圈)的羽田机场是国内航空路线的据点机场。
除了日本航空(JAL)、全日空(ANA)和日本系统航空(JAS)等主要航空公司外，空中标志航空(SKY)与北海道国际航空(ADO)也新加入航空服务行列，日本的国内航空已迎向航运票价自由化的时代。不但推出各项优惠折扣的服务，某些路线，甚至出现比新干线等陆上交通工具还要便宜的情形。